Frank Schaeffel studierte Biologie und Physik, promovierte über das Sehen von Drosophila und arbeitete anschliessend als Postdoktorand an der Cornell University in den USA bei Prof. Howard Howland, wo er über Myopie am Modell des Huhns forschte. Später leitete er eine Arbeitsgruppe in München und Tübingen unter der Leitung von Prof. Zrenner. Als Professor übernahm er die Leitung der Sektion Neurobiologie des Auges am Forschungsinstitut für Augenheilkunde des Universitätsklinikums Tübingen. Zudem war er als Gastprofessor für Myopieforschung am Institut für Molekulare und Klinische Ophthalmologie Basel (IOB) tätig.